Tổ chức Akatsuki không có vẻ như là tổ chức vững chắc mặc dù thành viên tổ chức chỉ làm vài việc khác thường. Họ hiếm khi gặp mặt nhau mặc dù liên lạc qua linh cảm hoặc các vì sao. Khi toàn thể các nhóm được giới thiệu cuối phần I, một thành viên đã nói rằng đã bảy năm kể từ khi họ gặp mặt. Các cuộc gặp mặt thường xuyên hơn ở phần II để tăng cường các hoạt động. Các thành viên ít kiên định vào thành quả cá nhân. Họ đi thành nhóm bởi vì thành quả của Akatsuki đều có ích cho các cá nhân. Mạng sống của các chiến hữu không có gì đặc biệt, cái chết của một người chẳng làm các thành viên còn lại bận tâm hơn thế nữa là một người có thể giết các thành viên khác.

Akatsuki gồm một số thành viên còn rất trẻ, nhưng tất cả đều là các tội phạm của các làng khác nhau ngoại trừ Nagato và Konan. Các thành viên làm việc 1 nhóm 2 người, với danh tính là điệp viên của tổ chức, họ phải sử dụng các nhẫn thuật của mình để tạo lợi thế riêng cho nhóm. Các thành viên phải hoạt động tích cực, ít nhất cũng phải hoàn thành nhiệm vụ được giao, mặc dù tính cách của họ có phần trái ngược nhau. Akatsuki rất hiếm khi tập hợp đầy đủ, lần đầu tiên sau 7 năm, họ tập hợp đầy đủ các thành viên. Mỗi thành viên Akatsuki làm việc theo nhóm hai người. Mỗi đội hoàn thiện bởi khả năng và tài năng tạo ra một cặp khủng khiếp:

• Hidan - Kakuzu
• Itachi - Kisame (Itachi - Orochimaru)
• Pain - Konan
• Sasori - Deidara (Deidara - Tobi, Sasori - Orochimaru)
• Zetsu